さて、以上のようにして２種類のハエができあがりました。ひとつはドライバーと呼ばれる、ハエの遺伝子の調節領域の調節を受けてGal4タンパクを作り出すハエです（ドライブという単語には本来、動かす・駆り立てるといった意味があります）。つまり、本来のハエの遺伝子が発現する場所で一緒にGal4タンパクが作られるということです。しかしこのハエはGal4タンパクがくっつくべきUAS 配列をもっていないので、作られたGal4 タンパクは何もできません。一方、もうひとつのハエはエフェクターと呼ばれる、UAS 配列とエフェクター遺伝子を持ったハエです。しかしこのハエも、UASを活性化させるためのGal4 を持たないため、エフェクター遺伝子は発現しません。

  しかし２種類のハエを交配してできた子孫は、一対のGal4 遺伝子とUAS配列にくっついたエフェクター遺伝子を両親から受け継ぐことになります。つまりこの子孫のハエではGal4タンパクがUAS配列にくっつき、そしてエフェクター遺伝子のスイッチをオンに切り替えることができるのです。しかもこの時エフェクター遺伝子が発現するのはGal4 タンパクが作られる細胞のみです。

  このようにして、ハエのどの細胞にでも、好きな遺伝子を組み込んで発現させることができるのです。この方法を活用して遺伝子の機能を調べることができます。もしくは、発現させた遺伝子によって細胞をコントロールすることもできます。例えば、細胞を緑色に光らせたり、細胞を殺したり、はたまた脳細胞を遠隔操作したりもできるのです。このGal4/UASシステムの開発によって、可能性は無限大に広がったと言えるでしょう。